Obyvatelé jižního Súdánu mají možnost získat vyšší vzdělání buď na vysoké škole nebo na odborné škole. Ačkoli tam je nedostatek obou institucí, několik programů jsou na místě rozšířit stávající krajinu vyššího vzdělávání v Jižním Súdánu.

Magisterský program je zaměřený stupeň, který vyžaduje asi dva roky výuky, výzkumu a případně práce papír vydělat. Tento moderní studijní program umožňuje studentům, aby dále specializovat své vzdělání v oblasti, která je zajímá.