Obyvatelé jižního Súdánu mají možnost získat vyšší vzdělání buď na vysoké škole nebo na odborné škole. Ačkoli tam je nedostatek obou institucí, několik programů jsou na místě rozšířit stávající krajinu vyššího vzdělávání v Jižním Súdánu.

Master of Science stupňů jsou pokročilé akademické programy, které jsou nabízeny prostřednictvím vysokých škol a univerzit pro studenty, kteří již získali bakalářský titul. Vydělávat MSc může vést k větší profesionální i osobní příležitosti pro absolventy.